Après l’oxydation des transporteurs d’H⁺ par les complexes de la chaine respiratoire :
NADH,H⁺ ————————> NAD⁺ + 2H⁺ + 2e–
FADH2 ————————-> FAD + 2H⁺ + 2e-
Les électrons libérés vont être transporter par les protéines de la chaine respiratoire vers l’O2 le dernier accepteur :
O2 + 4H⁺ + 4e- ———————————> 2(H2O)
La mobilité des e- dans les protéines de la chaine respiratoire favorise le pompage des protons H⁺ du matrice vers l’espace inter-membranaire ce qui entraine un déséquilibre de concentration engendrant le retour des protons H+ vers la matrice par les sphères pédonculées, ce passage stimule l’ATP synthase pour produire de l’ATP:
ADP + Pi ———————————-> ATP
ATP synthase