بعد أكسدة نواقل الهيدروجين المُختزلة من طرف مركبات السلسلة التنفسية:
NAD⁺ + 2H⁺ + 2e– <———————————— NADH,H⁺
FAD + 2H⁺ + 2e– <———————————— FADH2
تُنقل الإلكترونات الُمحررة عبر نواقل السلسلة التنفسية حتى تصل لمُتقبلها النهائي O2 الذي يُختزل فيتشكل الماء:
O2 + 4H⁺ + 4e– ————————————> 2(H2O)
انتقال الإلكترونات يساعد على ضخّ أيونات ⁺H من الماتريس إلى الحيز البيغشائي من طرف بروتينات السلسلة التنفسية ، فينشأ ممال للبروتونات .
تتدفق أيونات ⁺H بشكل تلقائي عبر الكرات ذات شمراخ نحو الماتريس، مما يحفز أنزيم ATP سانتاز الذي يوفر الطاقة اللازمة لفسْفرة ADP وتركيب جزيئات ATP .
ADP + Pi ————————————> ATP