الطفرات الموضعیة هي طفرات مرتبطة بتغيرات في تسلسل النيكليوتيدات بسبب الاستبدال أو الإضافة أو الضياع و قد تهم نيكليونيدا واحدا أو أكثر.
لا تؤدي الطفرات الموضعية دائما إلى تغيير في طبيعة الصفة ونسميها طفرة صامتة قد تظهر نتيجتها عند تكرارها أكثر من مرة، ويمكن تفسير ذلك أنه من الممكن أن يشير أكثر من نيكليوتيد واحد إلى نفس الحمض الأميني.